噗噗共乘在卓溪地區的服務範圍僅限於卓溪鄉部落到玉里鎮。雖然噗噗共乘進駐後，卓溪鄉的公共交通覆蓋率(公車站牌方圓500公尺內能服務到的住家)從六成提高到超過八成，解決了居民短程的交通問題，仍無法完全覆蓋他們的生活圈。
李璇學校參與建教合作的實習地點在瑞穗鄉的國際觀光飯店，距離她家約二十公里，不僅沒有任何公共運輸可以直達，也不在噗噗共乘的服務範圍內，只能委託朋友幫忙載。部落長輩若要到花蓮市區的大醫院就醫，噗噗共乘也只能接駁到轉乘點，無法直達市區，對於不懂中文字的部落長輩來說，在市區轉乘相當吃力。
噗噗共乘除了受限於服務距離，載客量也相當有限。崙山巷弄長照站站長杜元君說，許多長輩掛號的門診都在早上，必須七點從家裡出發。但同一時間崙山村唯二的司機正忙於接送學生，時間衝突下導致晨間去醫院回診的長輩們無法使用噗噗共乘。
服務範圍和車次不足，揭露了噗噗共乘資源分配上的困境。
人少薪低修車貴 共乘經營挑戰大
按照各偏鄉服務人口與現有的在地資源，噗噗共乘在每鄉鎮運作期間的經費為一年八十至兩百萬新台幣。鼎漢公司副總經理周諺鴻表示，在兩年試營運噗噗共乘計畫期間，尚未遇到任何經費不足的狀況，這與地方前線人員的感受有所出入。由於噗噗共乘使用司機個人汽車，車況不盡相同。政府的補助額只包含每公里固定的燃料費、司機薪資、行車附支及定期保養費用。司機們紛紛表示困擾，因為超出的油資和車損維修都得由他們自行吸收。
噗噗共乘司機馬國忠僅有父親留下許久未開的老爺車，因此有一半的薪水花費在維修及保養汽車，有時未領到薪水前，還得要借錢加油。細數輪胎、燈罩、散熱片等維修紀錄，他又好氣又好笑的回憶：「第四個月載學生放學的時候，開到一半排氣管『咚』的一聲掉下來。再修就要翻臉了！」
從每天早上六點發車，到晚上八點接送學生們回家，馬國忠還會利用放學時段前，載參加教會活動的村里長輩。然而，他大部分在山裡行駛的開車路徑，上下坡密集，油耗比較大，一公里卻只賺取17元的薪資（花蓮計程車計價：起程1公里100元，續程每230公尺5元。)，儘管他接再多的單，也領不到每月三萬元，養家相當吃力。 礙於公司前線人力不足，陳勁一人身兼輔導員及媒合人員兩職，目前的工作除了每週固定與公司開會報告外，還要視察現場營運狀況、媒合人車、與司機保持聯繫，若鄉內舉辦大型活動時，也要負責車輛調度。「根本忙不過來，放假也在工作，加班費還得事先申請。」
媒合與輔導工作性質不一，陳勁認為，一處偏鄉應由至少兩人分別擔任媒合人員或輔導員。若公司安排專職的媒合人員，就可以妥善分配工作，例如有人突然棄單，無法達到「共乘」時(噗噗共乘規定，需載有至少兩人或以上才能發車)，可將落單的人與其他單子合併，也不會出現一個人「忙不過來」，導致營運效率低的問題。
偏鄉資源仍仰賴整合
噗噗共乘以交通需求為出發點，試圖解決偏鄉居民日常生活中，需要應用到交通的所有需求。面對多元的需求面向及看似難以應付的開銷，逢甲大學運輸與物流學系教授蘇昭銘指出，當中原因未必是資源不足。他認為，當各部會、地方與中央政府、民間與官方的資源能有效率的整合、妥善利用當地資源，不只能提供更好的偏鄉交通服務，更能開發商機，自給持續經營。
蘇昭銘舉例，教育部只會補助偏鄉小學買校車的錢，其他項目如維修、聘用司機等支出則由校方自行負擔；若在非上下學時段，校車可以應用在其他領域，例如幫忙運送農產品、接送長輩、甚至作為遊覽車營業，就能更有效率地的使用此補助，且能開發額外財源。逢甲大學公共事務與社會創新研究所教授侯勝宗也強調，偏鄉交通要搭配地方創生發展，「讓遊客進來偏鄉，或是把產品推銷出去。」當人流和物流進出偏鄉，將當地交通產業化，便能創造商業利益，以利潤補貼在地的弱勢族群。
偏鄉交通需彈性 噗噗共乘如何啟發後續政策
交通部科顧室簡任技正劉建邦說，噗噗共乘計畫目的在於研究偏鄉交通服務如何更有效率，為後續推動交通政策發展提供參考。蘇昭銘認為，噗噗共乘最成功的地方便是「用在地人服務在地人」：司機和乘客沒有語言的隔閡，不僅了解當地交通狀況，若固定搭乘的乘客沒有預約，司機也會主動去了解狀況，關心每一位乘客。
為增加偏鄉交通政策的彈性，交通部在2020年11月27日公告修法（汽車運輸業管理規則第四十四條修正，公告徵求市區汽車客運業、計程車客運業經營外，無業者有意願時，將輔導現行當地噗噗共乘營運單位之社會團體或個人，成立市區汽車客運業。），在沒有運輸業者願意進駐的偏鄉，地方政府可以輔導社會團體或個人申請加入客運業。蘇昭銘說明，這是中央下放權限，讓地方政府制定符合民情的規定。
對此，侯勝宗認為，在中央法規鬆綁的同時，「自己的家鄉自己服務」的意識也要提升。
「創新永遠來自邊陲。」他認為，在地發跡的經營者，最懂當地民情，並能長期在地扎根。不受固有交通政策影響，以當地生活模式思考，才是通往偏鄉便利生活圈願景，最佳的路。
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