國人期盼再生能源能夠減少環境負擔，但推動再生能源時對生態環保的衝擊，已成為環團關注的焦點。
多年前國光石化開發案喊卡，關鍵之一就是環團擔心白海豚棲地受影響；如今白海豚面臨新的威脅，台灣西部沿海未來數年會加速推動海域風場，環團擔心施工過程中白海豚定位功能可能受影響，等於在水中「瞎了」。
除了風電，太陽能開發也出現類似爭議。太陽能開發商估算，一ＫＷ的太陽能發電系統大約需要占地七至九平方公尺，使得廠商傾向大面積施作，在幾乎零環評機制的狀態之下，生態學者發現，濕地喪失的速度非常快，不僅威脅台灣的生物多樣性與棲地，也可能破壞古文物。
最大光電區 落腳野鳥棲地
太陽能光電案在各地推行，除了濕地種電引發生態爭議之外，漁電共生也引起漁民擔憂，另外，今年初彰化鹿港百座古墓因太陽能光電案而受破壞，也引發文史學者抨擊。
今年六月一日，聯合報系採訪團隊跟著台東荒野保護協會的腳步，走進即將開發超過二百公頃太陽能光電案的知本濕地，國際鳥盟在二○○四年將這裡畫設為「重要野鳥類棲息地」，荒野保護協會統計該處記錄有高達一百八十多種鳥類。
荒野協會台東分會議題組組長蘇雅婷說，這裡如同非洲大草原，是台東鳥種數量調查最高的地方，除了黃鸝之外，還有保育類鳥類環頸雉、台灣畫眉等，這裡還是候鳥的東亞廊道，如果失去這個棲息地、缺乏食物來源，對候鳥來說，將非常致命，但這裡卻要成為台灣最大光電區，這麼大的開發案，卻沒任何環境、人文調查，未來布滿光電板後，溫度、氣流的改變，生態棲地的變化，對生物會有什麼影響完全不知。
大片光電板 水鳥誤當水域
中央研究院生物多樣性研究中心研究員劉小如表示，再生能源要有較多的面積與設備才能達到一定程度的發電量，太陽能光電缺乏管理與監督機制，忽略生態角度，沒有實際評估，蓋了太陽能板之後，需要陽光照射的生物必然無法生存在當地，這勢必威脅生物多樣性。
劉小如說，美國沙漠建置太陽能板引發鳥類生存的危機，已經引發國際生態團體重視，有水鳥誤以為大面積的太陽能板是一片水域，飛下來之後，卻無法靠近大面積的水，才往上跳躍飛行，因此乾死，還有一些太陽能光電板的設計使熱能過度集中，小鳥、昆蟲從上方飛過被燒死，但我國無相關評估。
濕地喪失速度 比預期還快
東海大學生命科學系教授林惠真表示，台灣地狹人稠，被認為沒有用處的沿海濕地，一塊塊成為開發場域，也正因為非國家重要濕地就不需要環評，這使得在各區域扮演著不同角色功能的濕地喪失的速度比預料中還來得快。
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